De effecten van antibiotica op bacteriën zijn uitgebreid beschreven in honderden verslag en artikelen, maar de effecten van antibiotica op het lichaam van zowel dieren als mensen zijn in vele mindere mate onderzocht en beschreven. In onderzoeken is bewezen dat sommige antibiotica (zoals Fosfomycin (FOM) and clarithromycin (CAM)) effect hebben op de cel tot cel reacties,  het inflammatoire- en immuunsysteemreactie (lymfocyten) zowel in Vitro als in Vivo. De antibiotica hebben effecten op de ontwikkeling en interacties van de cytokine die zorgen voor een natuurlijke afweer van de gastheer, hierdoor kunnen infecties heftiger en langer duren.

Naast de negatieve effecten van antibiotica hebben onderzoeken ook aangetoond dat er positieve effecten zijn die de antibiotica hebben op het lichaam. Uit onderzoeken is gebleken dat sommige antibiotica een positief effect hebben op de productie en ontwikkeling van de lymfocyten, trombocyten en cytokine.De antibiotica imopenem, cefodizime en clindamycin hebben de meest positieve effecten op het immumsysteem , daarentegen hebben de antibiotica erythromycin, roxithromycin, cefotaxime. Tetracycline, rifampicin, gentamicin,teicoplanin en ampicilin het meest negatieve effect op het immuunsysteem.^[15][16]