Voor het selecteren van het juiste antibiotica dient men eerst erachter te komen door wat voor een soort organisme de patiënt is geïnfecteerd. Dit gebeurt door onder andere een gramkleuring te maken van micro-organismen direct uit lichaamsvloeistoffen zoals bloed, serum, urine en hersenvocht. Ook wordt er een kweekfles gevuld zodat de micro-organismen kunnen groeien zodat er verdere testen kunnen gedaan worden. 

Als de bacterie bekend is die de patiënt ziek maakt wordt er een antibiogram uitgevoerd, dit wordt uitgevoerd om te testen welke antibiotica het beste werkt tegen de gevonden bacterie. Bij een antibiogram wordt er een bacteriestam op een kweekplaat gebracht waarna er diverse kleine antibiotica schijfjes op de plaat wordt aangebracht waarna de plaat overnacht wordt gekweekt en

Vaak krijgt de patiënt in bij ernstige infecties direct een breed spectrum antibiotica toegediend voordat men weet welke bacterie de patiënt heeft geïnfecteerd. Na een antibiogram kan er worden overgeschakeld op een smal spectrum antibiotica die dan specifieker werkt. [4]