Penicilline is de meest gebruikte groep antibiotica dit omdat deze de minste bijwerkingen geven op het lichaam. Maar de bijwerkingen kunnen nog altijd nog gevaarlijk uitpakken omdat sommige antibiotica een grote invloed hebben op het afweersysteem en niet alle antibiotica zullen alleen bacteriën doden of de groei ervan remmen. Zo weet men dat tetracyclinen  immuunreacties kunnen onderdrukken in het lichaam. Maar zo kunnen andere antibiotica zoals macroliden en fluorchinolonen het immuunsysteem helpen.

 Het lichaam kan cellulose dat heel veel in plantencellen zit zelf niet afbreken omdat we bepaalde enzymen missen om dit af te breken. In de darmen zitten daarom bepaalde bacteriën die dit voor ons kunnen afbreken tot glucose maar als er een breedspectrum antibiotica kuur wordt gegeven zullen deze bacteriën ook worden kapot gemaakt. Als er een breedspectrum antibiotica wordt gegeven zullen opportunistische bacteriën een kans krijgen om zich te vermenigvuldigen omdat andere bacteriën waar ze normaal hinder van hebben kapot gemaakt zijn. Een voorbeeld van deze soort bacteriën is MRSA (Clostridium Difficile), deze bacterie is zeer moeilijk te bestrijden ondanks het gebruik van antibiotica.  Ook de vaginale flora zal veranderen tijdens antibiotica gebruik, Diverse schimmelsoorten zullen kunnen gaan groeien omdat er bacteriën die zorgen voor een bepaalde zuurgraad, als deze bacteriën ook worden aangevallen door het antibioticum zal de pH omhoog gaan en kunnen schimmels vrij spel krijgen.^[20]

Door het gebruik van antibiotica kan het effect hebben op de bloedstolling, als dit plaats vindt kan dit worden geconstateerd omdat er langere bloedingstijden plaats vinden. Dit is te voorkomen door de patiënt in te spuiten met vitamine K.

Ook zijn er mensen waarbij  een allergische reactie optreed bij het gebruik van antibiotica dit is in 4 type onder te verdelen.^[21]

Type 1: anafylactische reactie, Bij dit type reactie ontstaat er een afweerreactie tegen het antibiotica. Dit vindt veel plaats bij antibiotica die worden toegediend per injectie. Als er een anafylactische reactie optreed kan dit plaats vinden op diverse manieren. Er kan namelijk een huiduitslag plaats vinden of de patiënt krijgt jeuk waar de injectie in het lichaam is gekomen. Maar soms kan dit ook over het hele lichaam voor komen. Het kan ook dat het in een zeer ernstige vorm plaats vindt dan word er ook wel gesproken van anafylactische shock hierbij kan de patiënt zelfs overlijden.

Type 2: Bloedcellen gaan reageren op het antibiotica hierbij kan er bloedarmoede ontstaan en kunnen ook witte bloedcellen afnemen. Hierdoor kan het lichaam zelf minder goed infecties bestrijden waardoor bacteriën of componenten ervan in het bloed kunnen komen waardoor er kans is op een sepsis.

Type 3: Komt bijna niet voor maar het immuunsysteem zal reageren door een serumziekte.

Type 4: Vertraagde reactie van het immuunsysteem op het antibiotica vaak in de vorm van contacteczeem (zalf)

 Als een persoon eerder een allergische reactie van een antibiotica heeft ondervonden kan er een huidtest worden afgenomen waar af kan gelezen worden welk antibiotica de allergische reactie veroorzaakt